上级用密码传来命令：“一个俘虏也不留！”据普拉多分析，政府是害怕夜长梦多，出现第二个德布雷事件，被国际社会干预。即将被枪杀前，CIA的特工拍下了三张格瓦拉的照片，照片上的这位领袖，衣着破烂，头发和胡子乱成一团，瘦得可怜，他不愿看镜头，目光阴沉。由于命令不得向格瓦拉的头和双手开枪，因为这些部分要送给美方检验。于是，刽子手对着格瓦拉的肚子开了9枪。

  10月9日下午，一架直升机载着格瓦拉的尸体，飞到了瓦列格兰德，只有7000居民的这座小城里，突然涌来无数记者。医生在死者的主动脉上切开一个小口，注射少量甲醛，这样可以延缓尸体腐烂。两位修女清洗了切的遗体，为他梳洗了11个月来从未理过的头发和胡子。不知从什么时候起，格瓦拉原本闭着的眼睛睁开了，眼神还像原来那样澄清，嘴角似乎隐约浮现出一丝微笑。摄影记者开始抢拍传奇英雄的遗照。

  英国艺术评论家约翰·伯杰发现，这些照片让人联想到了两幅名画。一幅是伦伯朗的《解剖课》，另一幅是曼特格纳的《基督之死》。《基督之死》中，基督的面庞和沉静的表情，都与格瓦拉的遗像惟妙惟肖，唯一有些不同的地方在于，基督的下半身盖着毯子，而格瓦拉则穿着解开扣子的军裤。

  玻利维亚政府将格瓦拉的头和双手割下，头颅送到了巴拿马的美军基地，双手则保存在内政部。后来，玻利维亚内政部长阿格达斯千方百计弄到了格瓦拉的日记与双手，将它们带到古巴，但是人们发现，格瓦拉的尸体失踪了。

  1997年7月5日，奇迹出现。古巴—阿根廷联合小组在玻利维亚的瓦列格兰德，花了几个月时间，挖掘了一万平方米，终于在机场跑道附近发现了一个合葬墓坑，内有7具遗骨。几位法医认定，其中的二号遗骨就是格瓦拉的遗体，骨骸上几个弹孔的位置也与当年的验尸报告一致。7月12日格瓦拉与其他几位战士的遗体，终于重返古巴，安放在他曾经战斗过的圣克拉拉市的一座陵墓里。

  许多参与杀害切·格瓦拉的人不得好死，这一现象称为“切的诅咒”。第一个暴死的是玻国军人总统奥图诺（Rene.Barrientos），一九六九年四月他乘坐的直升飞机空中爆炸。出卖切·格瓦拉的农民保长诺加斯一九六九年被南美游击队ELN处决。杀害切·格瓦拉的主谋，玻利维亚的中校情报官奎坦尼尔躲到了西德去做外交官，一九七二年被女游击队员莫尼卡用钢笔手枪打死在汉堡。主持处死格瓦拉的阿那亚军后为驻法大使，一九七三年在他的寓所被“切·格瓦拉国际旅”乱枪打死。同意处死格瓦拉的玻国参谋长托瑞斯后来当上了总统又被推翻，一九七六年被阿根廷敢死游击队杀死。这个死亡名单写下来会长达好几页。这些人的下场已经成为“恶有恶报”代名词。