剧组还专门赴日本采访了当年参战的日本军人。由于一些日本右翼分子否认南京大屠杀的存在，对摄制组造成了一些困扰。据悉，在日本拍片时，就有几名日本籍助理制片人因为受到来自朋友和家人的压力，中途离开了摄制组。

　　寻找愿意说一说当年经历的日本老兵也颇费周折。尽管莱昂西斯一直称《南京》是一部反战电影，但他的个人网站和一名日本演员的个人网站仍受到一些日本网民和右翼分子的攻击。但莱昂西斯没有气馁，坚持把电影拍完，希望通过这部电影让人们正视南京大屠杀这个史实，并希望这部纪录片能在日本放映，让更多日本人了解这段历史。