早在六朝时期(229—589年)，就建有大小寺庵几十座。2000年考古发现了六朝祭坛，正处于建康都宫城东北方的“丑”位上，与文献所载当时位于宫城东南之“巳”位的南郊坛遥相呼应，为六朝时钟山的第一次大建设提供了佐证；此时的建设活动主要集中于钟山西部南麓。

　　[第二次繁盛(明代)]

　　朱元璋定都南京后，将陵寝选于钟山南麓玩珠峰下，掀起了明代钟山建设的高潮，之后在山南相继营建了太子陵、嫔妃墓，并葬14位开国功臣于山之阴，形成钟山西部较为集中的明代墓葬群。同时，迁址后敕建的灵谷寺带动了于钟山东部区寺庙的迅速发展，逐渐在钟山周边建造了数十座宗教建筑。

　　[第三次繁盛(民国)]

　　中山陵的建设为紫金山的第三次发展提供了契机，而后兴建的国民革命军阵亡将士公墓、谭墓、廖墓、范墓及戴墓形成以中山陵为中心的民国墓葬群。随着钟山陵墓、官邸、文化体育等重要建筑的逐步建设，在钟山南麓的范围营建出不同于封建帝国的开放特征。