昆山市政府有关方面就此事提出三点质疑：第一，9月18日台湾“卫生署”已对该批次蟹检验合格放行，同一台湾“卫生署”为何于10月中旬再表示9月18日该批次蟹检测不合格？

　　第二，以鲜活水产品即检即放的惯例，鲜活水产品只要检验合格即可放行，昆山出入境检验检疫局依据上批次台湾“卫生署”合格通知，才会再检验下批次的蟹，然后销往台湾。现在已连续放行了八批次，为何会在八批后才推翻检测结果？

　　第三，昆山出入境检验检疫局在蟹出口时依国家规定对蟹进行严格的检验，结果均符合我国有关大闸蟹出口有关标准，为何在台湾会有如此大的检测差距。

　　在采访中，一些业内人士也指出，这件事情确实有些蹊跷，现在正是“海峡两岸农业合作成果展览暨项目推介会”期间，而此次被查阳澄湖大闸蟹也是两岸合作养殖模式下的产品，“太过巧合”了。