潘基文在出任外长后，韩国政府最重要的外交课题之一，就是解决２００２年爆发的朝鲜半岛核问题，推动六方会谈。作为外长，潘基文为六方会谈展开了积极斡旋，在有关国家之间展开频繁的穿梭外交，成为韩国在六方会谈中发挥调停作用的关键人物。

　　正是由于在朝核问题上积极斡旋，韩国在解决朝核问题上的作用得到认可，国际地位得到提升。而潘基文也在与中、美、俄、日等国家外长进行广泛交流的过程中，与各国外交界建立了良好的合作和信赖关系，在国际上建立了良好的声望，积累了重要的政治资本。这些对他竞选联合国秘书长十分有利。

　　当然，潘基文在就任外长后，并非一帆风顺。就任后不久，发生韩国公民金善日于２００４年６月在伊拉克被绑架并被斩首的事件。由于事件中出现外交通商部官员玩忽职守的行为，国内民众对政府施加了巨大压力。

　　潘基文在这一事件中显示了出色的危机处理能力。他一方面采取积极措施处理后事，安抚遇害者家属，一方面巧妙地与媒体沟通，最终化解了危机。通过这一事件，潘基文与韩国媒体建立了良好的关系，韩国民众也对这位态度诚恳、言辞真挚的外交官产生好感。