就在施工单位进入静海寺遗址内紧锣密鼓施工的同时，2006年7月21日，南京市下关区文化局负责人在得知此事后极为重视，负责全区文物保护和管理的吴主任立即赶到施工现场了解情况，同时向南京市博物馆做了汇报。其间，吴主任还起草一份《关于对静海寺遗址施工用地进行文物保护的通知》，并于7月24日送到南京图腾置业发展有限公司项目部。在这份通知书上,记者注意到这样的话：“静海寺遗址是南京市市级文物保护单位,在遗址范围内进行建设施工应依照《中华人民共和国文物保护法》及《南京市地下文物保护管理规定》，对文物实施有效保护。”

　　既然静海寺是市级重点文物保护单位，那么，文物部门为什么不制止施工呢？对此，南京市文物局和下关区文化局也有苦衷。吴主任说：“这个项目是下关区政府批准的项目，我们也很无奈。”

　　但南京市下关区宣传部牛维祥却向记者表示，静海寺遗址上建商业一条街这个项目，跟区政府没有任何关系。至于这个项目是哪个部门批准的，他们一点也不清楚。而记者得到的一份材料显示，该项目是下关区“十一五”规划的重点项目。