1月4日，南京市召开市级机构改革动员部署会，深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想和党的十九大精神，落实中央关于深化党和国家机构改革的重要决策，传达省委省政府关于南京市机构改革的部署要求，对做好市级机构改革工作进行动员部署。省委常委、市委书记张敬华讲话，市长蓝绍敏主持，市政协主席刘以安、市委副书记沈文祖出席。
张敬华指出，深化党和国家机构改革，是以习近平同志为核心的党中央从党和国家事业发展全局出发作出的重大政治决策，是推进国家治理体系和治理能力现代化的一场深刻变革。习近平总书记高度重视并亲自指导实施，作出了一系列重要论述和重大部署。地方机构改革是深化党和国家机构改革的重要组成部分，对构建从中央到地方运行顺畅、充满活力、令行禁止的体制机制，具有十分重要的现实意义和长远意义。
张敬华强调，要统筹市区街镇各层级、党政群各领域改革，优化机构设置和职能配置，构建系统完备、科学规范、运行高效、符合南京实际的机构职能体系。具体组织实施中，一要始终把加强党对各领域各方面工作的领导作为首要任务，正确处理党政关系，科学设置机构职能，不断健全党委总揽全局、协调各方的领导体制。二要始终践行以人民为中心的发展思想，不断完善为民谋利、为民办事、保障人民权益的体制机制，切实增强人民群众的获得感、幸福感、安全感。三要始终深入推进简政放权，坚持在机构合并上做加法不加门槛，在权力下放上做减法不减责任，进一步清理和规范各类行政许可、资质资格、中介服务等管理事项，对经济调节、宏观管理、市场监管等领域的机构和职能进行调整优化，打造政府和市场“双强引擎”。四要始终坚持优化、协同、高效，坚持一类事项原则上由一个部门统筹、一件事情原则上由一个部门负责，做到科学合理、权责一致，有统有分、有主有次，履职到位、流程通畅。五要始终抓好各项改革任务的统筹推进，深化事业单位改革、行政执法体制改革、区机构改革和基层政权建设。此次改革中，南京市在政策框架内新组建设置了一批体现南京特色的机构，这是呼应经济社会发展和人民群众对改革期盼的具体动作，也是优化治理体系、提升治理能力的有益尝试。全体新组建部门都要不辱新使命、担起新职责、完成新任务，真正把中央及省市委的改革意图领会好贯彻好实现好。
蓝绍敏在主持会议时强调，地方机构改革是当前一项必须完成好的重大政治任务。全市各级各部门要在市委统一领导和部署下，明确任务分工，压实工作责任，各司其职、协同配合，切实提高改革的协同性。要正确处理好机构改革与做好当前工作的关系，抓好统筹、加强衔接，确保秩序不乱、队伍不散、工作不断。转出和接收部门要加强沟通协调，新组建的机构要抓紧建章立制，确保有人做事、有钱办事、有地议事、有章理事。要加快促进部门内部班子融合、职能融合、队伍融合，尽快建立适应新的职能机构运行机制。要严格按照机构编制职数框架设计“三定”，合理配置部门内设机构、人员编制和职能，确保科学合理、运转高效。
市级机构改革于2019年1月底前基本完成。机构改革后，共设置市级党政机构54个，其中：党委机构14个，政府工作部门40个。
据南京发布
对应中央和省机构改革，调整优化相应机构和职能
一、建立健全和优化市委对重大工作的领导体制机制
●●●组建
市监察委员会（不再保留市监察局）
市委财经委员会（办公室设在市委研究室）
市委军民融合发展委员会（办公室设在市发展和改革委员会）
市委审计委员会（办公室设在市审计局）
市委教育工作领导小组（秘书组设在市委教育工作委员会）
●●●优化
将市委全面深化改革领导小组改为市委全面深化改革委员会（办公室设在市委研究室）
将市全面依法治市领导小组改为市委全面依法治市委员会（办公室设在市司法局）
将市委网络安全和信息化领导小组改为市委网络安全和信息化委员会（办事机构为市委网络安全和信息化委员会办公室）
将市委外事工作领导小组改为市委外事工作委员会（办公室设在市政府外事办公室）
二、加强市委职能部门的统一归口协调管理职能
市委组织部
统一管理市委机构编制委员会办公室（市委机构编制委员会办公室作为市委工作机关）
统一管理公务员工作（对外保留市公务员局牌子）
市委宣传部
统一管理新闻出版和电影工作(对外加挂市新闻出版局（市版权局）牌子，不再保留市委对外宣传办公室牌子)
市委统战部
统一领导民族宗教工作（市民族宗教事务局归口市委统战部领导，仍作为市政府工作部门）
统一管理侨务工作（将市政府侨务办公室并入市委统战部，对外保留市政府侨务办公室牌子；将市政府侨务办公室的海外华人华侨社团联谊等职责划归市侨联行使；不再保留单设的市政府侨务办公室）
三、新组建和优化职责的机构
●●●组建
市规划和自然资源局（市政府工作部门）向市辖区派驻机构
不再保留市国土资源局（主要职责）
不再保留市规划局（主要职责）
市发展和改革委员会（组织编制主体功能区规划职责）
市水务局（水资源调查和确权登记管理职责）
市绿化园林局（市林业局）（森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责）
●●●组建
市生态环境局（市政府工作部门）
不再保留市环境保护局（主要职责）
市发展和改革委员会（应对气候变化和减排职责）
市国土资源局（监督防治地下水污染职责）
市水务局（编制水功能区划、排污口设置管理和流域水环境保护职责）
市农业委员会（监督指导农业面源污染治理职责）
●●●组建
市农业农村局（市政府工作部门）
不再保留市委农村工作委员会（主要职责）
不再保留市农业委员会（主要职责）
市发展和改革委员会（农业投资项目管理职责）
市国土资源局（农田整治项目管理职责）
市水务局（农田水利建设项目管理职责）
市委农村工作领导小组办公室设在市农业农村局
●●●组建
市文化和旅游局 挂市文物局、市广播电视局牌子（市政府工作部门）
不再保留市文化广电新闻出版局（市文化遗产管理局）（文化广电管理职责）
不再保留市旅游委员会（主要职责）
●●●组建
市卫生健康委员会（市政府工作部门）
不再保留市卫生和计划生育委员会（市政府公立医院管理委员会办公室）（主要职责）
市民政局（市老龄工作委员会办公室职责）
市安全生产监督管理局（职业安全健康监督管理职责）
保留市老龄工作委员会，日常工作由市卫生健康委员会承担
●●●组建
市退役军人事务局（市政府工作部门）
市民政局（退役军人优抚安置职责）
市人力资源和社会保障局（军官转业安置职责）
●●●组建
市应急管理局（市政府工作部门）
不再保留市安全生产监督管理局（主要职责）
市政府办公厅（应急管理职责）
市公安局（消防管理职责）
市民政局（救灾减灾职责）
市国土资源局（地质灾害防治相关职责）
市水务局（水旱灾害防治相关职责）
市绿化园林局（市林业局）（森林防火相关职责）
防汛抗旱、抗震救灾减灾、护林防火等职责
●●●重新组建
市司法局（市政府工作部门）
不再保留市政府法制办公室（主要职责）
市司法局（主要职责）
●●●优化
市审计局职责
市发展和改革委员会（重大项目稽查职责）
市财政局（预算执行和其他财政收支情况的监督检查职责）
市政府国有资产监督管理委员会（相关经济责任审计和市级国有企业监事会职责）
●●●组建
市市场监督管理局 挂市知识产权局牌子（市政府工作部门）
不再保留市工商行政管理局（主要职责）
不再保留市质量技术监督局（主要职责）
不再保留市食品药品监督管理局（市食品安全委员会办公室）（主要职责）
不再保留市物价局（价格监督检查与反垄断相关职责）
市科学技术委员会（市知识产权局）（知识产权保护协调和专利行政执法指导职责）
市商务局（打击侵犯知识产权和假冒伪劣商品以及反垄断等相关职责）
●●●组建
市医疗保障局（市政府工作部门）
市人力资源和社会保障局（城镇职工和城乡居民基本医疗保险、生育保险职责）
市民政局（医疗救助职责）
市物价局（药品和医疗服务价格管理职责）
向市辖区派驻医疗保障机构
四、其他不再设立的机构
□不再设立市社会治安综合治理委员会及其办公室、市维护稳定工作领导小组及其办公室，有关职责交由市委政法委员会承担
□市委防范和处理邪教问题领导小组及其办公室职责交由市委政法委员会、市公安局承担。市委政法委员会指导协调有关工作，市公安局承担具体业务工作
与中央和省级机关基本对应的其他机构和因地制宜设置的机构
一、 与中央和省级机关基本对应的其他机构
优化 市委办公厅职责
将市档案局（市档案馆）的行政职能划转给市委办公厅，挂市档案局牌子
不再保留单独设置的市档案局，市档案馆作为市委直属事业单位
调整 市委老干部局管理体制
市委老干部局由市委组织部管理的机构调整为市委工作机关，归口市委组织部管理
组建 市委机要保密局（市委工作机关）
将市委机要局（市国家密码管理局）与市委保密委员会办公室（市国家保密工作局）的职责整合，归口市委办公厅管理
加挂市国家保密局牌子
对外保留市国家密码管理局牌子
不再保留市委机要局、市委保密委员会办公室（市国家保密工作局）
优化 市政府办公厅职责
将在市政府办公厅挂牌的市政府研究室改为单独设置，作为市政府工作部门
市政府参事室由单独设置改为在市政府办公厅挂牌
优化 市发展和改革委员会职责
划入市物价局的定价管理等职责
将市粮食局职责，市商务局、市民政局等部门的组织实施重要物资和应急储备物资的收储、轮换和日常管理职责，整合划入市发展和改革委员会，加挂粮食和物资储备局牌子
不再保留市粮食局
组建 市科学技术局（市政府工作部门）
将市科学技术委员会（市科技体制综合改革办公室）的职责，市人力资源和社会保障局的外国专家管理职责整合
不再保留市科学技术委员会（市科技体制综合改革办公室）
组建 市工业和信息化局（市政府工作部门）
将市经济和信息化委员会（市民营经济发展办公室）的经济运行调节和电力、煤炭相关管理等职责划入市发展和改革委员会，在市经济和信息化委员会（市民营经济发展办公室）基础上组建市工业和信息化局
不再保留市经济和信息化委员会（市民营经济发展办公室）
优化 市交通运输局职责
将市港口管理局的职责，以及市农业委员会的渔船检验和监督管理职责划入市交通运输局
不再保留市港口管理局
重新组建 市政务服务管理办公室（市政府工作部门）
将市政府服务管理办公室的职责，以及市级部门的有关行政许可、审批服务协调推进、政务数据归集应用等职责整合
加挂市行政审批局牌子
调整 市信访局管理体制
将市信访局改为市政府信访局，由市委办公厅、市政府办公厅管理的机构调整为市政府工作部门
市委信访局与市政府信访局合署办公，实行一套工作机构、两个机关名称
组建 市地方金融监督管理局（市政府工作部门）
将市政府金融发展办公室的职责，以及市商务局的典当行、融资租赁公司、商业保理公司监管职责整合
加挂市政府金融工作办公室牌子
不再保留市政府金融发展办公室
二、因地制宜设置的机构
组建 市投资促进局（市政府工作部门）
将市商务局、市发展和改革委员会等部门承担的招商引资、投资促进、重大产业项目服务的职责，以及统筹开发区（园区）投资促进工作等职责整合
组建 市大数据管理局（市政府工作部门）
将市政府办公厅、市发展和改革委员会、市经济和信息化委员会承担的大数据开放共享、产业发展、开发应用以及电子政务等管理职责整合
优化 市绿化园林局（市林业局）职责
将市国土资源局、市环境保护局等部门的自然保护区、风景名胜区、自然遗产、地质公园等管理职责，以及市旅游委员会相关公园管理职责划入市绿化园林局（市林业局）
市绿化园林局（市林业局）的林业管理职责由市规划和自然资源局统一管理
三、其他不再设立的机构
□不再保留市委经济和信息化工作委员会、市委城乡建设工作委员会、市委商务工作委员会，相关党的建设工作交由市工业和信息化局、市城乡建设委员会、市商务局党委（党组）承担。不再保留市委社会建设工作委员会牌子，有关职责交由市委政法委员会承担
