但是，并非所有的人都认为“化学阉割”有效，连医学权威都对它的作用将信将疑。澳大利亚政府拒绝将“化学阉割”方法引入澳大利亚，称没有证据表明这种手段的有效性。还有评论说，人们对这种药物的副作用还知之甚少，药物可能会使人昏昏欲睡，引发男性体内的荷尔蒙激素分泌。

  2004年1月11日，新西兰司法部长菲尔·戈夫表示，新西兰考虑对恋童癖实行“化学阉割”。但是，一些反对实施化学阉割疗法的官员认为，对恋童癖实行强制性疗法不能保证他们不重犯。相反，他们可能利用药物的副作用要挟政府。综观各方，反对者理由主要有以下几点：

  生理因素不是惟一根源

  医学专家认为，“化学阉割”治疗一旦中断，病人很可能会出现强烈的代偿性反弹，不仅无法减少性侵害，还可能变本加厉。但很多强奸累犯往往有复杂的心理、生理、家庭、社会等成因。若只矫正生理上的原因，未同时检讨其他成因，很难期望强奸累犯因此变老实。只要强奸犯的攻击倾向仍在，即使无法再以性器官攻击人，也会使用其他工具，出现不同的攻击行为。

  可能涉及侵犯人权

  法律界人士则认为，“化学阉割”可能涉及到侵犯人权的行为。有的专家认为，基于人权角度的考虑，这是“不太人道”的行为。“化学阉割”的做法在美国少数州施行，原因就是它不是一种“惩罚”，而是一种治疗手段，但谁有权利来决定何人需要接受此种治疗，需要非常谨慎。

  可能走上报复主义老路

  一种相反的观点认为，强奸犯的人格特质与一般人不同，用生理手段解决心理问题，不仅无法达到杜绝再犯的预期效果，甚至会刺激其出现残暴行为的反效果；若从法理上来说，形同走上“报复主义”的回头路，也与时代潮流相违背。意大利议会生物伦理委员会主席弗朗西斯科·阿格斯蒂诺警告说，任何形式的“非自然绝育法”都应该受到谴责，而且任何对身体健康造成伤害的方法都是不道德的。

  药物的作用有限

  据“性犯罪惩治协会”公布的数字显示，相当一部分被“化学阉割”后的罪犯仍然有性能力，某些罪犯在阉割后还能通过其他手段提高体内的睾丸酮水平。精神科专家分析，若是单纯因男性荷尔蒙旺盛、容易性冲动而犯罪者，这种方法或许可抑制再犯。

  药物副作用对身体有危害

  有的专家认为，所谓化学阉割是使用化学药物来抑制男性荷尔蒙分泌，从而降低性欲和性冲动，以及勃起程度，进而达到控制性犯罪的目的。不过，若要达到长期的效果，则需要定期注射，除了造成当事人有女性化倾向外，最重要的是，它对肝脏及心脏有副作用，例如容易引起糖尿病、肝脏病变、血栓等。

  在心理学家看来，很多性惯犯的犯罪行为往往是由复杂的家庭、社会等因素造成的。倘若只找出生理原因，而不同时检讨其他成因，很难想象强奸犯会因此变老实。只要强奸犯的攻击倾向仍在，即使无法再以性器官攻击他人，也会使用其他工具，出现更加残暴的行为。综合